Intesa Sanpaolo adotta il modello dualistico di amministrazione e controllo, nel quale sono separate le funzioni di controllo e di indirizzo strategico, esercitate dal Consiglio di Sorveglianza, e quelle di gestione dell'impresa sociale, esercitate dal Consiglio di Gestione in applicazione di quanto previsto dall'art. 2409-octies e seguenti del codice civile e dall'art. 147-ter e seguenti del Testo unico della finanza.

La scelta del modello dualistico - largamente utilizzato, sia pure con le caratteristiche specifiche che lo distinguono nei singoli ordinamenti, in altri paesi dell'Unione Europea nelle società di più grandi dimensioni e con azionariato diffuso - si è fondata su diverse motivazioni.
In primo luogo, tale modello determina una migliore demarcazione tra proprietà e gestione, in quanto il Consiglio di Sorveglianza si pone quale filtro tra gli azionisti e l'organo gestorio - il Consiglio di Gestione - e sembra quindi poter rispondere più efficacemente rispetto al modello tradizionale alle esigenze di maggior trasparenza e riduzione dei potenziali rischi di conflitto di interessi.
Inoltre, il ruolo attribuito dalla legge al Consiglio di Sorveglianza enfatizza la distinzione tra la funzione del controllo e degli indirizzi strategici, da un lato, e la funzione della gestione dall'altro, consentendo di delineare al meglio ruoli e responsabilità degli organi sociali, anche a garanzia di una sana e prudente gestione della Banca. In particolare, il Consiglio di Sorveglianza, che assomma in sè alcuni poteri tipici dell'Assemblea, funzioni del collegio sindacale e alcuni poteri di "alta amministrazione", assolve ad un compito di indirizzo e controllo, anche di merito, sulla gestione della Società più ampio di quello tipicamente svolto dall'organo sindacale.